בדיקת פוליגרף אינה יכולה לתת תוצאות אמינות במקרים מסוימים. ישנן דרכים להבחין בין אנשים בעלי סף רגישות גבוה במיוחד או בעלי לחץ גדול מהבדיקה, ועדיין לאבחן בין לחץ לשקר. ישנם קבוצות של אוכלוסיות שבדיקת הפוליגרף לא תוכל להעניק לנו תוצאות חד משמעיות ולכן הבודקים יעדיפו לא לבצע את הבדיקות במצבים אלו. בדיקת הפוליגרף מסתמכת על מדדים פיזיים ויש מקרים בהם המדדים אינם תחת מצב נורמלי ותקין ולא נוכל לקבל תשובה חד משמעית לגבי מתן העדות של אותו אדם.
להלן המקרים בהם לא נשתמש בבדיקת פוליגרף:
תחת טיפול תרופתי- אנשים תחת טיפול תרופתי כגון: טיפול בלחץ דם, סוכרת, אחרי ניתוח ואף תרופות של הורדת חום, התרופה משבשת את התוצאות של הבדיקה.
מצב רגשי- אנשים לאחר תאונה, טראומה כזו או אחרת, גירושין, דיכאון קליני וכדומה, המצב הרגשי הקיצוני בו הם נמצאים גורם לשיבוש תוצאות הבדיקה.
אנשים בעלי מוגבלות שכלית שאינם יכולים להבדיל בין האמת לבין שקר.
אנשים המכורים לסמים, הסם כידוע גורם להחלשת מערכת העצבים ואת תקינות המערכות בגוף.
נשים בהריון- למרות שאין כל פגיעה בעובר, פוליגרף אינה פולשנית נעדיף לא לבצע בדיקת פוליגרף לאישה בהריון אלא אם כן המצב מחייב, וזאת עקב ההתרגשות שמציפה את הגוף בזמן הבדיקה ויכולה כן לפגוע בעובר. קרא עוד אודות חוקי הפוליגרף השונים.
אנשים עם קוצב לב- בכל מקרה בו אדם מחובר לקוצב לב, עדיף לא לבצע בדיקת פוליגרף עקב ההתרגשות הגבוה שיכולה לפגוע באדם זה, אנשים בעלי קוצב לב צריכים להימנע ממצב של התרגשות ולחץ. מעבר לכך החשמל של קוצב הלב משבש את מערכת הבדיקה, נתוני לחץ הדם ורמת ההזעה.
אנשים נכים או בעלי מוגבלות פיזית – למרות שתמיד ניתן לבצע את הבדיקה בביתו של הנבדק, או לחילופין בבית החולים בו הוא מאושפז, עדיין אדם זה אינו כשיר לעבור בדיקת פוליגרף, עקב מצבו הפיזי, במיוחד אם הוא מאושפז בבית חולים וסביר להניח תחת טיפול תרופתי.
בית המשפט נותן משקל כבד לכשירות אדם לעבור בדיקות פוליגרף. במידה ואדם עבר בדיקת פוליגרף ויצא דובר שקר, בית המשפט יכול לבטל את ההתייחסות לבדיקה תחת אישורים שניבדק יציג בבית המשפט שקובעים האם הוא כשיר או לא לעבור בדיקות פוליגרף במצבו.
חשוב לציין כי במידת הצורך וכאשר מכון פוליגרף מנוע מביצוע בדיקת פוליגרף, ניתן לפנות אל עורך דין פלילי אשר צבר ותק וניחן בכישורי תחקור טובים. הנ"ל יהווה תחליף טוב או לפחות מניח את דעת בעבור אותן אוכלוסיות אשר להן לא ניתן לבצע בדיקות פוליגרף בשל סיבה כזו או אחרת.