בדיקת פוליגרף אינה חודרנית באופן פיזי לגופו של הנבדק. התגובות הפיסיולוגיות נלקחות מן הנבדק על ידי חיישנים שונים המודדים את התגובות במספר דרכים כגון: לחץ דם, דופק, מוליכות חשמלית של העור (ההזעה) , נשימות חזה ובטן ועוד, במהלך הבדיקה הנבדק מתבקש בכדי לקבל תוצאות אמת לשתף פעולה בריכוז ותשומת לב מרבית לשאלות שנשאל במהלך הבדיקה ולענות תשובות אמת.
ללא שיתוף פעולה של הנבדק תוצאות הבדיקה עלולות להתקבל באבחון מוטעה על ידי הבודק .
בדיקת פוליגרף תערך בחדר שקט וללא רעשים חיצוניים (לחץ כאן לנושאי בדיקות הפוליגרף) כדי לשמור על ריכוז מלא מצד נבדק הפוליגרף. בכדי למנוע השפעות שליליות על הנבדק, נערך שיחה מקדימה לבדיקה, שבו מברר הבודק את כל נושא הבדיקה שומע את הסברי הנבדק בונה את השאלות הרלוונטיות וכן שאלות נוספות שאותן ישאל את הנבדק במהלך הבדיקה . הבודק מקריא לנבדק את כל השאלות שהכין לבדיקה עוד בטרם התחיל לבצע את הבדיקה וזאת בכדי למנוע מצב של הפתעה מצד הנבדק.
במהלך השיחה המקדימה לבדיקה מברר גם הבודק את מצבו הרפואי של הבודק את מצבו הנפשי בעבר ובהווה וכן באם הינו עייף או רעב ,במצבים אלו כל תשומת הלב של הנבדק יוסטו מן הבדיקה אל העייפות והרעב. במקרים אלו על הבודק לקבוע מועד אחר לבדיקה כאשר הנבדק יגיע שבע ולאחר שישן שנת לילה טובה. לאחר שבודק מצא את הנבדק כשיר לעמוד בבדיקת מכונת אמת הוא יחבר את הנבדק לחיישני
הפוליגרף יפעיל את הפוליגרף כאשר הנבדק מתבקש לא לזוז בכל מהלך הבדיקה ועד לסיום הקראת כל השאלות שחוברו טרם הבדיקה .
בסיום הבדיקה ולאחר שהבודקת ביצע מספר תרשימים יכול הוא לנתח את ממצאי הבדיקה ולקבוע באם הנבדק דובר אמת או שקר.
קביעת ממצאי הבדיקה תמיד תערך על ידי הבודק לאחר ניתוח ממצא של כל תרשימי הבדיקה במספר שיטות במטרה לקבל ממצאים מדויקים, כמו כן נעזר הבודק במערכת ממוחשבת של ניתוח תרשימי בדיקה שתעזור לו לקבל את ההחלטה הנכונה והמהימנה ביותר.
השפעת בדיקת פוליגרף על הנבדק דובר האמת היא השפעה מינימלית ואינה גורמם לו לחוסר שקט לפני ואחרי הבדיקה, זאת לעומת דובר השקר שהשפעת הבדיקה עליו היא קשה מאחר והנבדק טרוד
טרם הבדיקה באפשרות גילוי השקר ותוצאותיו, כמו כן במהלך הבדיקה בניסיון הכשלת הבדיקה בדרכים שונות בכדי שתעלם מעיני הבודק האמת. ניסיונות אלו במהלך בדיקת הפוליגרף נדונות לכישלון.