מועמד לבדיקה נשלח למכון הפוליגרף בחשש שמצבו בנפשי או הפיזי עלול להכשילו בבדיקה על אף שהוא מאמין בחפותו. המועמד, טרם ביצוע הבדיקה נשאל באם הוא סובל מבעיות רפואיות כגון בעיות לב. לחץ דם , בעיות בנשימה, באם סובל ממחלת האפילפסיה או כל מחלה אחרת. באם הנבדק סובל ממחלה כלשהי בליבו הוא חייב להצטייד באישור רפואי על היותו כשיר לבדיקת פוליגרף, חשוב מאד שלא לערוך את הבדיקה טרם קבלת אישור רפואי בגין כשירותו של הנבדק.יחד עם זאת ועל אף המצאת אישור רפואי בגין אי כשרות לבצע בדיקה, רשאי הבודק לקבל החלטה אחרת על פי שיקול דעתו והבנתו את תהליך הבדיקה. יש לקחת בחשבון כי הבדיקה היא בסך הכול קבלת תגובות פיסיולוגיות אחדות של הנבדק, ואם במצבו הרפואי על פי אישור הרופא אין פגיעה במערכות השולטות על המערכת הפיסיולוגיות של הנבדק הבודק יקבל החלטה לבצע את הבדיקה .
בדיקת הפוליגרף היא בדיקה שאינה פולשנית לגוף האדם ועם זאת היא גורמת למתיחות ולתחושות חרדה ולחץ.הבודק יבחן וישקול את הסיכונים הבריאותיים במצבו של הנבדק ואת מידת התאמתו להיבדק ואף יתייעץ עם הרופא במידת הצורך .
יצוין כי הבודק הוא הסמכות המכרעת לקביעת הכשירות להיבדק בפוליגרף.
במידה והבודק החליט לבצע את הבדיקה חרף מצבו הרפואי של הנבדק או האישור הרפואי, רשאי הנבדק לסרב לבדיקה אך תוצאות סירובו היא על אחריותו ועלולה תשמש נגדו.