במישור האזרחי יש משקל רב לבדיקת הפוליגרף ואף יש לו משמעות משפטית גם ללא התערבות של בתי המשפט. כך בתחום דיני הנזיקין והביטוח וגם בתחום יחסי עבודה.
בדיקת הפוליגרף תוצע למתדיינים בכל מקום שבו עומדת סוגיה עובדתית מבחינתו של בית המשפט אשר המתדיינים הביעו את הסכמתם לבדיקה. בדיקה תיערך כאשר לשני בעלי הדין גרסאות סותרות . בדיקת הפוליגרף תכריע את השאלה העובדתית במשפט או לחילופין תשמש כחלק מן הראיות במשפט.
על הצדדים המתדיינים לקבוע במפורש מה המשקל שינתן לבדיקת הפוליגרף או מה המשמעות לאי התייצבות של אחד מהצדדים לביצוע הבדיקה כפי שהוסכם .
שנית על הצדדים להסכים על נוסח השאלות הרלוונטיות שישאלו בבדיקה . רצוי לבנות לא יותר משלוש עד ארבע שאלות רלוונטיות אשר שנויות במחלוקת עובדתית. בודק הפוליגרף רשאי על פי הבנתו לשנות במעט את נוסח שאלות שניתנו לו על ידי בית המשפט בשינויים קלים וזאת לפי שיקולו המקצועי .
תוצאות הבדיקה חייבות להיות חד משמעותיים ולא להסתפק בנטייה לאמירת שקר או אמת דבר שאינו יכול לשמש כבסיס להכרעת הדין . במקרה שבהם התשובה היא לא חד משמעית יש לבצע בדיקה חוזרת .
בדיקת פוליגרף שבו הסכימו הצדדים לבצעה יש לראותה ככל יתר הראיות במשפט.
נציין כאן את הלכת ביאזי שככל שהצדדים מסכימים על קיומה של בדיקת פוליגרף ועל הכרעה של סכסוך על פי תוצאות בדיקת הפוליגרף ,הדבר מקובל ואף ראוי , ובית המשפט יקבל בהסכמה זו ויתן לה גושפנקה .הדבר אינו נובע מעדיפות ההכרעה על פי בדיקת הפוליגרף על פני הכרעה שיפוטית רגילה אלא מכיבוד רצון הצדדים כמו גם ייעול בירור הסכסוך. הסכמת הצדדים צריכה להיות מפורשת ברורה ממלאה.
בעלי הדין שקיבלו על עצמם לבצע בדיקת פוליגרף כדי ליישב את הסכסוך, ולאחר שביצעו את הבדיקה וינסו להשתחרר ממנה ולמנוע את ההכרעה לפיה , ניסיון זה לא יעמוד להם. בעל דין אינו יכול להתנער מן ההסכמה בדבר עריכת בדיקת פוליגרף שלפיה יוכרע הסכסוך .