השימוש בפוליגרף על ידי רשויות המדינה הינה בסמכות ויערכו רק כסינון לתפקיד או שירות אשר עלול להוות סיכון לביטחון המדינה. נקבע כי "קבועה של התאמה ביטחונית של אדם לתפקיד או משרה שסווגה בטחוני" וזאת על פי סע' 17 (ב) (3) לחוק שירות הביטחון הכללי תשס"ב 2002.
בשירות המדינה לא יערכו בדיקות פוליגרף שלא לשם סינון בקבלת עובדים או לשנוי בתפקיד או קידומו של עובד.
על אף שלעיתים עשויים לשם קידום חקירה להסתייע בבדיקת פוליגרף בנושא פלילי או משמעתי, כדי להזים או לאושש חשד כלשהו. על אוף זאת אין לבצע את בדיקת הפוליגרף באם אין בביצוע הבדיקה חשש לעבירה ביטחונית.
על אף האמור באם הנחקר הביע את הסכמתו מתוך רצונו הטוב והחופשי לבצע בדיקת פוליגרף לשם הזמת החשד נגדו יש לשקול היטב באם ההסכמות נתנו בידיעה מלאה בקשר למהותה של בדיקת הפוליגרף והמשקל שינתן לתוצאותיה.
טרם קבלת הסכמתו לבדיקה יש להבהיר לנחקר כי הוא אינו חייב לבצע אותה ולמסור לו את כל הפרטים ואת התוקף המשפטי וזאת גם אם היוזמה במקרה זה באה מצידו של הנחקר.
במידה והוסכם על ידי מי מהצדדים לבצע בדיקת פוליגרף יש למסור לנבדק הסברים ולעגן את הסכמתו לבדיקה בכתב ובחתימת ידו. אין ללחוץ על נבדק לביצוע בדיקה כאמור ויש לתת לו שהות מספקת להחליט באם הוא מעוניין בבדיקה ובין אם לא.
בכל מקרה אין לבצע בדיקות פוליגרף בעבירות קלות או שאינן מהותיות.
הבדיקה תערכנה אך ורק בעבירות חמורות בלבד ולאחר שלא נותר בררה אחרת ומוצו כל ההליכים בעניינו.