כבר דובר רבות על אי קבילותו של פוליגרף בהליך הפלילי .
פני הדברים שונים ביחס להליכי המעצר, לעיתים בכדי להגיע לחקר האמת דרוש לחקירה הארכת מעצר חשוד זאת על מנת לסכל את הסכנה בשחרורו ממעצר מהחשש לשיבוש הליכי המשפט או כדי להשלים את החקירה.
כדי להאריך את מעצרו של חשוד דרוש עילת מעצר כקבוע בחוק אשר דרוש קיומו של חשד סביר שהחשוד עבר עבירה מסוג קלון או פשע דהיינו עבירה שהעונש המרבי הוא שלושה חודשי מאסר או יותר.
בכדי לקבל החלטה דרוש לשופט ראיות אף אם אינן עומדות בקבילות המשפט, כאן בא לעזרת בית המשפט בדיקת פוליגרף גם אם היא אינה קבילה למהלך המשפט הפלילי, לבדיקת הפוליגרף שנערכה לחשוד יש בשלב הארכת המעצר ערך ראייתי בהליכי מעצר ימים .
בדרך כלל בתי המשפט נוטים לקבל את תוצאות בדיקת הפוליגרף ואף את הידיעה באם החשוד סירב להיבדק, דבר אשר יכול לחזק את החשד נגדו.
יש לציין כי שני בעלי הדין המשטרה או החשוד יכולים לבסס את הראיות שלהם על פי בדיקת הפוליגרף שבוצעה על ידי מי מהם .
בבקשה להארכת מעצר עד לסוף הליכי המשפט ניתן על ידי אחד מן הצדדים להביא תוצאות בדיקת פוליגרף שבוצעה אף בזמן המעצר ותוצאותיה תוצג לשופט המעצרים אשר יקבלה כחלק מן הראיות שיובאו בפניו.
בדיקת הפוליגרף עשויה לתרום תרומה מסוימת להערכת חומר הראיות הראשוני תוך יחוס משקל ראוי לבדיקת הפוליגרף, תוצאות הבדיקה יכולות לתרום משמעותית להתרשמותו של בית המשפט בשלב הדיון ולקבלת החלטה נכונה בדבר קבלת בקשה להאריך או לשחרר את החשוד לביתו .
בדרך כלל מבקש החוקר את הסכמתו של חשוד להיבדק בפוליגרף כדי לחזק או להפריך את החדש נגדו והסכמתו לבדיקה ותוצאותיה תשפיע על החלטת המשטרה באם להאריך את המעצר, או לחילופין תוצאות הבדיקה תוצג לבית המשפט בשלבי הבקשה להארכת המעצר.
גם בקשתו של החשוד לביצוע בדיקת פוליגרף מטעמו נידונה בפסקי דין רבים ואחד מהם הוא פסיקתו של השופט רובינשטיין אשר לפי תפיסתו יש לאפשר לחשוד אשר מעוניין בכך לבצע בדיקת פוליגרף מטעמו במסגרת הליכי המעצר כחלק מניסיונותיו לשכנע את בית המשפט בחפותו.