אתייחס בעיקר לשלוש בעיות מתודולוגיות , המהוות מכשול מתמיד כאשר מנסים להעריך את התרומה הנקיה של פוליגרף בקביעת ההחלטה לגבי הנבדק.
קונטימינציה (זיהום): מושג זה מתייחס ליכולת ההפרדה של התרומות היחסיות של המרכיבים השונים להחלטה הסופית. המרכיבים שלנו הם : המכונה על ערוציה השונים , הנבדק, הבודק, וידע קודם לגבי הנבדק. סדר בדיקת פוליגרף אופיינית הוא כדלקמן :
- הזנת הנחקר החף מפשע, או האשם , ברוב המידע הקיים לגבי העבירה,באמצעות חקירות מוקדמות וראיון מקדים לפני בדיקות פוליגרף.
- הזנת בודק הפוליגרף בכל המידע הקודם , כולל ראיונות ממשיות , שמועות , ידיעות מודיעין, הרשעות קודמות , והערכות סובייקטיביות.
- אינטראקציה בודק נבדק במבחן המוקדם. בשלב זה סופג הבודק התרשמויות סובייקטיביות והנבדק מתרשם מציפיות הבודק .
- בדיקת הפוליגרף עצמה . כאן נערכת בסופו של דבר תצפית בנייר הרישום שעליו מופיעים הממצאים הפיסיולוגיים . בדרך כלל נערכות שלוש חזרות על סדרה של כעשר שאלות ,ולכל נמדדות שלוש תגובות שונות.
- ההחלטה : קיימות בדרך כלל שלוש אפשריות החלטה : דובר אמת ,דובר שקר, אין קביעה.
כתוצאה מנוהל זה , גם אם ידוע במקרה מסוים שהחלטת הבודק הייתה נכונה כלומר התאימה לקריטריון אובייקטיבי בלתי תלוי , אין אפשרות לדעת אם החלטה זו נובעת מידע קודם, התרשמות סובייקטיבית של הבודק ממרכיבים מסוימים בהתנהגות הנבדק או מהתגובות הפיזיולוגיות. משום כך, לא ניתן לקבוע אם המכונה קבעה שקר או אמת. יותר חסכוני לטעון שבודק הוא הקובע והמכונה משמשת במקר הטוב כלי עזר שמשקלו בהחלטה אינו ברור.