פוליגרף אינו מקובל ברוב בתי המשפט בעולם , למרות שעברו כבר יותר מחמישים שנה מאז המצאתו.
גם בארצות הברית שם עושים שימוש נרחב בפוליגרף כאמצעי חקירה , אין לממצאיו פרט למקרים בודדים ומוגבלים , דריסת רגל בחומר הראיה הקביל בבתי המשפט. בארצות הקונטיננט ובאנגליה אין עושים שימוש במכשיר הפוליגרף כלל
בתי המשפט נרתעים משימוש בממצאי פוליגרף להכרעת האמת העובדתית, תפקיד המסור להם כשופטים מקצועיים , המכריעים את הדין על פי הראיות המובאות אליהם על ידי עדים ואותות האמת מתגלים במהלך המשפט . יש הרואים בכך מחסום עיקרי לקבילות ממצאי הפוליגרף בבתי המשפט . יש אחרים הגורסים שהבדיקה בפוליגרף עומדת בניגוד לזכות הפרט לפרטיות ולשמירה על כבודו , שכן בבדיקות כזו מאבד הנבדק את שליטתו על גופו. ענין אחר : הכלל לפיו אין הנאשם חייב להוכיח את חפותו , והתביעה היא שנושאת עול הוכחת האשמה וכן זכות השתיקה של החשוד מורים כי אין לכפות על החשוד בעל דרך שהיא להיבדק על ידי
מכונת אמת.
ההרגשה של בית המשפט בהופיע בפניו בודק פוליגרף היא כי זה מתיימר להיות השופט בכבודו ובעצמו, שכן חוות דעתו של בודק הפוליגרף אינה מבוססת על ממצא פיזיולוגי –אוביקטיבי, כגון בדיקת דם או טביעת אצבעות , אלה על התרשמות סובייקטיבית הדומה לראיון של פסיכולוג עם הנבדק במכשיר אלא על התרשמותו מהתנהגותו של הנבדק בעת ביצוע הבדיקה , מה עוד שהבודק "מורעל" גם על ידי אינפורמציה שסופקה לו על ידי החוקרים.
יש להבחין בין המישור הפלילי שבו כפופים בתי המשפט לדין וככלל אין בכוח הסכמת הצדדים כדי להתגבר על ייסוריו , לבין המישור האזרחי –שבו הצדדים הם השליטים בכל הקשור לקבילותן של ראיות ובהסכמה , או אגב ויתור כעל התנגדות , ניתן להתגבר על כל מחסום של קבילות .