השימוש בבדיקות פוליגרף בחקירות פליליות נועדו לבדוק באם הנבדק דובר אמת או שקר לאחר שהועלה נגדו חשד לעבירה פלילית כלשהי.
הפוליגרף מסייע בחקירה הפלילית להביא לפיצוח התיק .נבדק שנמצא דובר שקר ימקד את החוקר על החשוד ויספק לחוקר כלי עזר רב להמשך החקירה עד להודאה וסיום התיק.
נבדק שנמצא דובר אמת יתקבל אצל החוקר ברוב המקרים ברצון לשינוי כוון חקירה או לסגירת התיק.
תנאי הכרחי לביצוע בדיקה היא שיש עברה שנסיבותיה קושרות את החשוד לביצועה.
בדיקה בחשד לביצוע עבירה פלילית תתבסס על שלוש הנחות:
- נמצא חשד סביר שהנבדק מעורב בעבירה הנבדקת .
- החשד הוצג לנבדק בחקירה שקדמה לבדיקה והנבדק מבין אותן.
- הנבדק מכחיש את החשדות שהועלו נגדו.
כל שלושת התנאים חייבים להתקיים כדי שהבדיקה תתבצע, הרי כי אם לא קיים חשד אין צורך להכחיש אותו , העדר חשד יכול לנבוע מהעובדה שהחוקר יודע בוודאות שהאיש שלפניו איננו קשור לאירוע הנחקר או שהוא משוכנע שהנבדק הוא העבריין שביצע את העברה או שהוא משוכנע על פי ראיות מספיקות כדי להוכיח כי העבריין הוא זה שביצע את העברה. בשני המקרים אין מקום לבדיקה בפוליגרף .
אם קיים חשד אך החשד אינו מובן לנבדק , וממילא אין כל ערך להכחשת החשד . גם במקרה זה לא תערך בדיקת פוליגרף .
בודקי פוליגרף הוכשרו לברר בשיחה מקדימה לבדיקה את מידת הבנתו של הנבדק או טיב החשד התלוי ועומד נגדו. במקרים בהם החשוד אינו מכחיש את החשד לא תתבצע בדיקת פוליגרף ,מצב זה מתקיים כאשר החשוד מודה או מבקש לשמור על זכות השתיקה.
במקרים בהם החשוד מודה לא תתבצע בדיקה מאחר והחשד נהפך לוודאות והבדיקה מיותרת. במקרים בהם החוקר אינו מאמין להודאת החשוד החשד משתנה ממעורבות בביצוע העברה לשיבוש הליכי חקירה או למתן עדות שקר. ממילא אין עוד ערך לבדיקה המקורית בפוליגרף
אם הנבדק בוחר לשמור על זכות השתיקה, יש בכך משום סירוב להיבדק בפוליגרף , מצב זה נוגד את הדרישה שהנבדק יחתום על הצהרה שהוא נבדק מרצונו החופשי.